Stroke & fill applies to: 

この項目をONにすると「Freedraw only」、OFFにすると「 All shapes」になります。

この設定はペンで描かれる軌跡自体には関係がありません。すなわちデフォルトの図形(四角、菱形、丸など)を描く際に、ここで設定する項目を適用するか?の設定です。

よって、
「 All shapes」を適用すると以降で設定する項目(色など)が反映された図形が描かれます。
一方で、
Freedraw only」にした場合は、以降で設定する項目は図形には反映されず、このペンで描いた奇跡だけに反映されることになります。

ですので、もし複数のペンを設定している場合は、図形にもこの色を使いたいというペンのみ「 All shapes」にすれば良いかと思います。

Stroke color: 

この項目をONにすると「Current」、OFFにすると「 Preset color」になります。

 Preset color」にした場合は、次の設定項目が「Select stroke color」となり自分で色を選択できるようになります。その際、すぐ下の設定項目が「Select stroke color」となり、16進数(例:#191970)や直接「black」と打ち込むことで、また色が示されている円をクリックすればカラーパレットが表示されるのでそこから選択することで、色を変えることができます。

一方で、
Current」にした場合は、直訳すると「キャンバスの現在のストロークの色を使用するか、ペンに特定のプリセット色を設定します」となっています。私が試した範囲では、キャンバスにすでに描かれている色が使われました。

とりあえず、この項目では「 Preset color」を選んで好きな色を指定するのが良さそうです。

(つづく)